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・1997(平成9)年・第1回 (優秀賞)【691】 ◎ 浦沢 直樹 『MONSTER (全18巻)』 (1995/06 小学館・ビッグコミックス) ★★★★★ 「小学館漫画賞(青年一般部門)」「手塚治虫文化賞(マンガ大賞)」「文化庁メディア芸術祭マンガ部門(優秀賞)」の3冠)
・2002(平成14)年・第6回 (優秀賞)【1005】 △ 浦沢 直樹 『20世紀少年―本格科学冒険漫画 (全22巻)』 (2000/01 小学館・ビッグコミックス)/ 『21世紀少年 (上・下)』 (2007/05 小学館・ビッグコミックス) ★★★ 「小学館漫画賞(青年一般部門)」「日本漫画家協会賞(大賞)」「講談社漫画賞(一般部門)」「文化庁メディア芸術祭マンガ部門(優秀賞)」の4冠)
・2002(平成14)年・第6回 (優秀賞)【693】 △ 佐藤 秀峰 『ブラックジャックによろしく (1)』 (2002/06 講談社・モーニングKC) ★★★
・2004(平成16)年・第8回 (★大賞)【1116】 ◎ こうの 史代 『夕凪の街 桜の国』 (2004/10 双葉社) ★★★★☆
・2004(平成16)年・第8回 (優秀賞)【697】 ◎ 戸部 けいこ 『光とともに... 〜自閉症児を抱えて〜 (1)』 (2001/07 秋田書店) ★★★★☆
・2005(平成17)年・第9回 (★大賞)【2104】 ○ 吾妻 ひでお 『失踪日記』 (2005/03 イースト・プレス) ★★★★ 「日本漫画家協会賞(大賞)」「手塚治虫文化賞(マンガ大賞)」「文化庁メディア芸術祭マンガ部門(大賞)」の3冠)
・2005(平成17)年・第9回 (優秀賞)【692】 ○ 浦沢 直樹 (原作:手塚治虫) 『PLUTO (1)』 (2004/09 小学館・ビッグコミックス) ★★★★
・2005(平成17)年・第9回 (優秀賞)【1138】 ○ 三田 紀房 『ドラゴン桜 (全21巻)』 (2003/10 講談社・モーニングKC) ★★★★
・2014(平成26)年・第18回 (★大賞)【3276】 ◎ 近藤 ようこ (原作:津原泰水) 『五色の舟』 (2014/03 KADOKAWAビームコミックス) ★★★★☆
・2021(令和3)年・第24回 (優秀賞)【3069】 ○ カレー沢 薫 (原案協力:ドネリー美咲) 『ひとりでしにたい (1)』 (2020/03 講談社) ★★★★